Na de Britse overwinning op de Zulu volgde in 1880 een andere oorlog, en wel tegen de Transvaalse boeren die de annexatie van Transvaal betwistten. Die eerste "boerenoorlog" leidde een jaar later tot een vredesverdrag waarbij Transvaal zelfbestuur kreeg onder de Britse Kroon. In 1883 werd een nieuwe president gekozen die nog van zich zou laten horen: Paul Kruger.

Die eerste boerenoorlog had heel wat gevolgen: voor het eerst ontstond er een soort van samenhorigheidsgevoel, een stamgevoel onder de boeren. Dat werd nog versterkt door de talloze sympatiebetuigingen die de republiek kreeg vanuit bv. Nederland en Vlaanderen.

Onder president Kruger legden de boeren verder beslag op de gronden van de lokale bevolking en ook Kruger droomde ervan om de Afrikaanse volkeren een bepaalde locatie toe te wijzen, onder de bescherming van de regering.

In 1886 werd in Witwatersrand goud gevonden. Van overal kwamen goudzoekers toestromen, bescheiden gelukzoekers maar ook grote ondernemers. De belangrijkste was Cecil Rhodes die een compagnie oprichtte om de exploitatie van de goudmijnen te financieren. Eind 1886 werd er in de buurt al een nieuw dorp gesticht dat nauwelijks 10 jaar later 80.000 inwoners zou tellen: Johannesburg.

In eerste instantie maakte de exploitatie van de goudmijnen de republiek Transvaal rijk, maar uiteindelijk zou het één van de oorzaken van de tweede boerenoorlog worden, én bijdragen tot de huidige problemen in Zuid-Afrika.

De tweede boerenoorlog brak uit in 1899 en deze keer vormden Transvaal en Oranje-Vrijstaat front tegen de Britten. De boeren hadden een leger kunnen bij mekaar brengen van 54.667 personen, maar daarnaast konden ze nog rekenen op vrijwilligers uit Duitsland, Frankrijk, Nederland, België, Oostenrijk, Amerika en Ierland. De gemakkelijke overwinning die de Britten verwacht hadden bleef uit, maar een overwinning voor de boeren zat er evenmin in. De boeren schakelden over op guerillatactieken waartegen de Britten aanvankelijk weinig verweer hadden. Vandaar dat ze na een tijdje overschakelden op een nieuwe tactiek: die van de verschroeide aarde. Overal in het land werden boerderijen platgebrand en werden vrouwen en kinderen samengebracht in concentratiekampen - een Britse en geen Duitse "uitvinding" ! Men schat dat zowat 50% van de boerenbevolking in zo'n kampen ondergebracht werd, in cijfers: zowat 120.000 van de 220.000 mannen, vrouwen en kinderen.

De concentratiekampen waren niet bedoeld om de bevolking uit te roeien, maar de leefomstandigheden waren er dikwijls lamentabel en de bevoorrading onvoldoende. Vandaar dat zo'n 26.000 vrouwen en kinderen in de kampen stierven van ziekte en ontbering. Tussen haakjes: ook veel zwarten en kleurlingen lieten het leven in de kampen. De concentratiekampen hebben diepe wonden geslagen bij de Afrikaner-bevolking: nog altijd wordt door velen van hen verwezen naar hun voorouders of verwanten van drie-vier generaties terug die omkwamen in de kampen - of die ze overleefden.

De oorlog eindigde uiteindelijk met een nederlaag voor de boeren. Een laatste poging van president Kruger om in Europa steun voor zijn strijd te vinden leverde hem zeer veel sympatiebetuigingen op, maar kon het tij niet keren. Kruger zou trouwens nooit meer naar Zuid-Afrika terugkeren.

Het einde werd bezegeld op 31 mei 1902 met de ondertekening van de Vrede van Vereeniging. Die voorzag niet in de onafhankelijkheid van de boeren, wel in een ruime mate van zelfbestuur. Het leed van de boerenbevolking in de concentratiekampen had hen echter een enorme internationale sympatie opgeleverd, zodat zij de morele overwinnaars werden en ook hun eisen konden stellen. Bovendien had de oorlog het nationalisme onder de boeren flink aangewakkerd. Een belangrijk instrument zou hun taal worden: onmiddellijk na de Boerenoorlogen waren Engels en Nederlands nog de officiële talen in Zuid-Afrika - de talen van de oorspronkelijke bevolkingen telden niet mee - maar vanaf 1925 werden dat Engels en Afrikaans.