In 1958 werd Hendrik Verwoerd premier. Verwoerd was een buitenbeentje in de Zuid-Afrikaanse politiek. Hij was in Amsterdam geboren en pas als kind naar Zuid-Afrika gemigreerd, wat wellicht veel van zijn latere carrière verklaart. Na een loopbaan als redacteur bij de krant Die Transvaler, ging hij in de politiek. Van bij het begin waren zijn initiatieven en maatregelen geïnspireerd door een uitgesproken nationalisme en een streng calvinisme. Als "Minister van Naturellesake" was hij verantwoordelijk geweest voor het gescheiden Bantoe-onderwijs en die scheidingspolitiek zou hij ook als premier verder zetten. Verwoerd werd "de architect van de apartheid" - het begrip apartheid is trouwens door hem gelanceerd.

In 1959 werd ook het universitair onderwijs opgedeeld in instellingen voor blanken en instellingen voor niet-blanken. Nog ingrijpender was echter de Wet ter Bevordering van Zelfbestuur voor Bantoes. Onder die ronkende naam werd de basis gelegd voor de politiek van de zogenaamde "Thuislanden": aan de zwarte bevolking werden 8 (later 10) gebiedsdelen toegewezen met een beperkte mate van zelfbestuur. Elk van die gebiedsdelen hoorde bij een bepaalde etnische groep. Op die manier konden niet alleen blanken en niet-blanken politiek van mekaar gescheiden worden, maar ook de verschillende etnische groepen binnen de zwarte bevolking.

Intussen gebeurde ook één en ander op het algemene politieke front: op 31 mei 1961 werd de Republiek Zuid-Afrika uitgeroepen. Voor het eerst in 160 jaar werden de banden met Groot-Brittannië verbroken, en wel op een zeer drastische manier: Zuid-Afrika werd immers meteen ook uit het Britse Gemenebest gestoten omwille van zijn apartheidspolitiek.

Dit belette Verwoerd echter niet om zijn thuislandenpolitiek verder te zetten. In 1962 kondigde hij een beperkt zelfbestuur voor Transkei aan, op basis van een grondwet die in Pretoria werd opgesteld.

In 1966 werd Verwoerd vermoord - een niet-politieke moord die heel wat opschudding verwekte. Hij werd opgevolgd door John Vorster, een advokaat die de politiek van zijn voorganger tot in de uiterste consequenties verder zette. Van grote invloed was daarbij ook de broer van John Vorster, Koot Vorster, die hoofd was van de Nederduits Gereformeerde Kerk, de Calvinistisch geïnspireerde Volkskerk van Zuid-Afrika die achter de apartheid stond. Op die manier kreeg de apartheidspolitiek de nodige ruggesteun vanuit zowel de kerkelijke als de wereldlijke autoriteit. Terloops kan hier worden vermeld dat de dissidente dominee Beyers Naudé (zie verder) al eerder uit de Kerk gestoten was omwille van zijn oppositie tegen de apartheid.

De interne oppositie tegen de politiek van "gescheiden ontwikkeling" werd overigens steeds sterker Daarom werden in de late jaren '60 meerdere maatregelen genomen om het repressie-apparaat te verstevigen - er kwamen bv. een Wet op het Terrorisme en een Bureau of State Security.

De afronding van de Thuislandenpolitek kwam er in 1970 met de Wet op Burgerskap van Bantoetuislande: alle zwarte Zuid-Afrikanen werden plots "burger" van een thuisland. Die thuislanden besloegen samen ongeveer 13% van het landoppervlak van Zuid-Afrika, en ze waren allemaal gelegen in arme, geïsoleerde gebieden. Bovendien waren dit erg kunstmatige constructies: een thuisland als Bophutatswana bijvoorbeeld bestond uit vijf stukken die niet eens aan mekaar grensden.

De maatregel gaf aanleiding tot zeer merkwaardige situaties: Xhosa die al een paar generaties in de westelijke Kaapprovincie woonden, werden plots burgers van Transkei, in het oosten van het land, het thuisland dat toegewezen was aan de Xhosa. Het betekende wel dat zij niet langer in de Kaap konden blijven, tenzij zij konden bewijzen dat zij er werk hadden. Indien dit niet het geval was, werden zij ongewenste vreemdelingen die uit het land konden worden gezet. Zwarten moesten dan ook ten allen tijde hun "pasje" bij hebben om te kunnen bewijzen dat zij "legaal" in het land waren.

Op termijn werden de thuislanden zelfs "onafhankelijk": Transkei in 1970, Bophutatswana in 1977, Venda in 1979 en Ciskei in 1981. Alleen KwaZulu, onder leiding van Buthelezi, weigerde de onafhankelijkheid.

De thuislandenpolitiek heeft onnoemelijk veel menselijk leed veroorzaakt. Tussen 1960 en 1983 werden zo'n 3,5 miljoen zwarten letterlijk gedeporteerd van hun woonplaats naar het thuisland dat de regering voor hen had voorzien. Dat impliceerde meestal een leven in armoede zonder vooruitzichten. Bovendien werden talloze gezinnen uit mekaar gerukt: wie in een blank gebied werkte kon immers zijn of haar gezin niet meenemen - tenzij die ook een "pasje" hadden. Dikwijls werkten alleen de mannen in de stad waar ze in armzalige logementshuizen verbleven, terwijl hun vrouwen in het thuisland achterbleven; of het waren de vrouwen die als huisbedienden in de stad gingen werken en hun kinderen in het verre thuisland moesten achterlaten. De impact van de thuislandenpolitiek op de zwarte gezinnen werd op een indrukwekkende manier beschreven in de roman van Elsa Joubert "Die swerfjare van Poppie Nongena". Het verhaal is overigens gebaseerd op het echte levensverhaal van een huisbediende van de auteur en toen het boek in 1978 verscheen, stond het hele land in rep en roer. Men kan gerust stellen dat, wanneer de concentratiekampen tot nu toe diepe wonden hebben nagelaten bij de blanke bevolking, de paswetten en de thuislandenpolitiek hetzelfde effect hebben gehad op de zwarte bevolking.